صحبت هاي امام در عصر دوم فروردين 1342 و اقدامات بعدي او وحشت حاكم بر حوزه علميه را جارو كرد و بيرون ريخت، اما موجب نشد كه اين فكر در پوشش نگراني از زبان برخي افراد شنيده نشود: حوزه علمي  اي كه آيت الله حاج شيخ عبدالكريم حائري يزدي با زحمات زياد بنيان نهاد و آن را از شرّ پهلوي اول حفظ كرد، در نخستين برخورد سياسي با حكومت آسيب ديده، از بين خواهد رفت. كساني كه تمايلي به مبارزه نداشتند، اين فكر را مي پراكندند. "گاهي اوقات مباحثه مي كردم [كه] چرا مبارزه نمي كنيد؟ ... فوراً استناد مي كردند به حادثه [مدرسه فيضيه ] قم كه ديديد چه كار كردند؟ ... قم را نابود مي كنند، طلاب را مي كشند و زحمات آشيخ عبدالكريم حائري... از بين مي رود."

اما پاسخ امام خميني به نامه علماي تهران، حال و هواي حوزه علميه قم را بار ديگر تغيير داد. امام در اين نامه كه سيزدهم فروردين 1342  نوشت، اسدالله علم را استيضاح كرد و ضمن تحقير او به عنوان كسي كه در نخست وزيري شاغل است، به نام ملت ايران علت وقايع چند ماه اخير، از جمله حمله مأموران به مدرسه فيضيه را سئوال كرد. اما همه محتواي نامه، اين نبود. امام با ذكر اين جمله كه تهاجم به مدرسه فيضيه، خاطرات حمله مغول را تداعي كرد " با اين تفاوت كه آنها به مملكت اجنبي حمله كردند و اينها به ملت مسلمان خود" نوشت كه شعار حمله كنندگان «شاه دوستي» بود. و چنين نتيجه گرفت كه "شاه دوستي يعني غارتگري؟ هتك اسلام ؟ تجاوز به حقوق مسلمين و تجاوز به مراكز علم و دانش؟ شاه دوستي يعني ضربه زدن به پيكر قرآن و اسلام؟ "

نامه در قم تكثير شد. "یادم مي آيد آن وقت اعلاميه ها و نامه ها روي كاغذ كاهي ... چاپ مي شد. اين روي كاغذ سفيد ... پهن و بزرگ .. به مقدار زيادي پخش شد... مثل يك بمب تركيد..خواندن آن عده اي را مي لرزاند، عده اي را شجاع مي كرد ... كساني كه دلشان مي خواست مبارزه كنند منتها مشوق و مشجعي پيدا نمي كردند از اين نامه تشجيع مي شدند." در بخش ديگري از نامه، امام خطاب به علماي تهران نوشته بود "اصول اسلام در معرض خطر است. قرآن و مذهب در مخاطره است. با اين احتمال تقيه حرام است و اظهار حقايق، واجب ولو بلغ ما بلغ." اين جمله نيز هيجان و غوغايي برپا كرد:  "جمله بسيار مؤثري بود. مستمسك همه [مبارزان] بود كه تا سال ها [شنيده مي شد ] ... [امام ] از فيضيه يك سكوي پرش به سوي مراحل جديد مبارزه ساخت. "

فرداي حادثه خونين مدرسه فيضيه، امام خميني از مردم خواستند به ديدن مدرسه بروند، به بيمارستان هايي كه روحانيان مجروح را مداوا مي كنند سر بزنند تا از كاري كه دستگاه حاكمه با جامعه روحانيت كرده باخبر شوند.

***چهل روز بعد

درسهاي حوزه علميه تا حدود 40 روز بعد تعطيل شد. امام پس از پايان نخستين درسي كه در مسجد اعظم پس از تعطيلي حوزه علميه شروع كرد، براي فاتحه خواني و ياد آن حادثه راهي مدرسه فيضيه شد. "به عقل هيچ كس نمي رسيد كه امام يك دفعه چنين حركتي انجام بدهند. راه افتاديم. من بودم آن روز خدمت امام. طلبه ها زياد بودند . آمديم توي مدرسه. امام وارد شدند. دست چپ ... غرفه اول يا دوم ... نشستند... طلبه ها هم دور ايشان. غم شديدي صورت امام را گرفته بود . شديداً غمگين بودند. يك نفر گفت يكي.... روضه بخواند... سيدي بنا كرد روضه خواندن و همه گريه كردند."

 اين اقدام نيز در بازسازي روحي حوزه علميه قم بسيار مؤثر افتاد. از آن روز به بعد بود كه پاي طلبه ها به مدرسه فيضيه باز شد. پس از دوم فروردين كسي در مدرسه ساكن نبود . نمي توانستند. همه چيز به هم ريخته بود. احتمال اين كه بار ديگر حمله اي انجام شود طلبه ها را آزار مي داد. با اين حركت تصميم به تعمير مدرسه گرفتند . حساب باز كردند تا مردم كمك مالي كنند. "كار ديگري كه در قم شد و شايد سرنخش از طرف امام بود، ليكن خيلي رواج پيدا كرد، مسئله فاتحه گرفتن براي شهداي مدرسه فيضيه [بود] ... حتي توي محلات دوردست قم فاتحه گذاشتند ... ما هم راه مي افتاديم مي رفتيم ... در فواتح سيديونس رودباري شركت مي كرديم. پدرش پيرمردي بود كه از قزوين آمد . او را هم... دست به دست مي گردانيد. "

خش سی و یکم کتاب شرح اسم